대구 근교 기도원 부근에서 살인 사건이 일어난다.
피살된 민요섭의 시체가 발견되고 담당경사 남경호는 요섭의 친구 황 전도사로부터 실마리를 풀어가기 시작한다. 남 경사는 요섭이 8년 전 침묵만 하는 신에 대한 회의와 여신도와의 간음 사건으로 학교와 교회를 떠났음을 알게 된다. 요섭이 남긴 노트에서 끝까지 추종했던 조동팔이라는 사내를 찾아나선다. 동팔의 아버지와 창녀 향순을 만나 전통적인 기독교의 신을 부정하고 자기들만의 합리적인 새로운 신을 모색하려 했던 과거를 알게 된다.
한편 동팔은 사망한 김동욱의 이름을 빌려 범죄를 저지르고 창녀와 결혼까지 했던 과거가 드러난다.
유물론적인 방황 끝에 요섭은 여호와에게로 돌아온다. 그러나 이에 배신과 분노를 느낀 동팔에게 살해당하고 만다. 동팔 또한 자기를 추적해 온 남 경사 앞에서 자기의 죽음은 패배가 아니라면서 음독자살을 한다.